Para sincronizar duas pastas no modo texto, use o rsync.
rsync -avu --delete "/home/user/A" "/home/user/B"
Descrição das opções:
-a : faz a sincronização preservando todos os atributos do arquivos
-a : faz a sincronização preservando todos os atributos do arquivos
-v : modo verboso
-u : pula os arquivos que são mais novos na pasta de destino
--delete : apaga os arquivos na pasta de destino que não existam na pasta de origem